生物信息学

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生物信息学 关注(): 期刊周期：季刊; 期刊级别：北大核心; 国内统一刊号：23-1513/Q; 国际标准刊号：1672-5565; 主办单位：哈尔滨工业大学; 主管单位：中华人民共和国工业和信息化部; 上一本期杂志：《生物加工过程》生物科技论文; 下一本期杂志：《生命科学》科技期刊论文

　　【杂志简介】

　　《生物信息学》(BioInformatics)是由哈尔滨工业大学主办的生物信息及相关领域的国内外公开发行的学术刊物，报道我国生物信息技术研究开发的重要成果和国内外生物信息技术及其产业化最新进展。主要刊载生物信息及相关领域的研究进展、综述、研究论文、研究简报、技术与方法、专题评论等学术文章。登载的研究论文应是没有在国内外公开出版的刊物上发表过的原始研究工作报告;综述进展应结合作者研究领域的工作，对相关领域的发展及研究进展进行全面的介绍和评述，及时反映生物信息领域的发展热点和最新进展;本刊还刊登有关生物信息技术国内外研究开发动态、简讯、产业政策与产业发展动态、学术活动与展会通知、书评、短评、启事等文章。

　　【收录情况】

　　国家新闻出版总署收录

　　该刊被以下数据库收录：中国科学引文数据库(CSCD—2008)

　　【栏目设置】

　　研究论文、研究简报、综述进展、学科前沿、论坛、技术与方法、研究快讯(Letter)、评论、动态、产业报道、知识产权、新书推介、展会报道等。

　　杂志优秀目录参考：

　　nc2Cancer：一个研究与癌症相关人类非编码RNA的数据库程卓，刘珂，严章明，向书念，孙之荣，CHENG Zhuo，LIU Ke，YAN Zhangming，XIANG Shunian，SUN Zhirong?

　　基于高通量测序的长穗偃麦草功能分子标记发掘和分析刘赢，张军，敖游，宋丽莉，束永俊，LIU Ying，ZHANG Jun，AO You，SONG Lili，SHU Yongjun?

　　大鼠肝脏半乳糖凝聚素-3 cDNA分子多样性分析方恩浩，张珊珊，刘倩芸，周建钟，杨仙玉，FANG Enhao，ZHANG Shanshan，LIU Qianyun，ZHOU Jianzhong，YANG Xianyu

　　基于EST数据的水稻基因表达大规模初步分析宋东光，SONG Dongguang

　　基于氨基酸约化和统计特征的蛋白质亚细胞定位预测杨红，徐慧敏，严寿江，陈静，耿丽丽，姚玉华，YANG Hong，XU Huimin，YAN Shoujiang，CHEN Jing，GENG Lili，YAO Yuhua

　　农林院校生物信息学专业数据库技术课程教学改革刍议郑珂晖，温永仙，ZHENG Kehui，WEN Yongxian?

　　ABIPGM测序平台用于细菌基因组denovo测序的评价黄方亮，HUANG Fangliang

　　基于微信公众平台的文献定制服务单光宇，卢一鸣，屈武斌，张成岗，SHAN Guangyu，LU Yiming，QU Wubin，ZHANG Chenggang

　　利用位点特异性打分矩阵对大肠杆菌启动子的预测闫妍，万平，YAN Yan，WAN Ping?

　　高维蛋白质波谱癌症数据特征提取吴文峰，刘毅慧，WU Wenfeng，LIU Yihui?

　　工程论文发表：DCS在苯乙醇加氢装置中的应用

　　摘要：DCS(集散控制系统)是现代生产型企业中的关键配置。苯乙醇加氢工艺具有高温、高压、易燃、易爆的特点，对过程控制系统提出了更高的要求。同时，苯乙醇加氢装置中的重要装置全面通过DCS系统进行控制，导致在设计与实施的过程中面临更大的难度。该文对DCS在苯乙醇加氢装置中的应用进行了分析，最终形成了满足工艺要求、操作要求的过程控制系统。

　　关键词：苯乙醇加氢装置,DCS系统,项目管理

　　化工生产具有连续性，这一特点对控制系统的稳定性、可靠性提出了更高的要求。DCS系统设计包括硬件系统设计和应用软件设计，信号分配是硬件系统设计和应用软件设计之间的界面，这三个方面的设计内容是紧密相关，缺一不可的，共同为DCS系统的硬件配置和应用软件组态提供了完整的依据。通过对DCS在苯乙醇加氢装置中的应用进行研究，对于类似的项目实施与管理具有非常高的参考价值，为未来DCS系统在苯乙醇加氢装置中的有效运用提供了参考与借鉴。

　　生物信息学最新期刊目录

基于网络药理学、分子对接及动力学模拟研究Harriperforine治疗肺癌的作用机制

摘要：前期研究发现新异戊烯基黄酮Harriperforine （HE）对A-549细胞具有显著抑制活性(IC₅₀= 0.67 ± 0.04 μmol/L)，但其在肺癌中的作用机制尚不明确。本研究综合运用网络药理学、分子对接及分子动力学模拟方法，探讨HE抗肺癌的潜在分子机制。通过GeneCards与OMIM数据库获取肺癌相关靶点，结合SwissTarget与Super-PRED数据...

卵巢癌诊断DNA甲基化标志物挖掘

摘要：通过整合机器学习与DNA甲基化标志物分析，筛选高判别力的甲基化标志物，构建并验证卵巢癌早期诊断模型，以提升诊断效能。首先从GEO数据库获取GSE155760和GSE267068两个甲基化数据集，涵盖132例样本（36例正常、96例卵巢癌），使用Illumina EPIC芯片检测全基因组甲基化水平。然后经数据预处理，通过limma差异分析和LASSO回归筛选关键CpG位点，并利用KEGG进行通路富集...

识别新型肥厚型心肌病关键基因及其药物预测

摘要：肥厚型心肌病（HCM）是一种以心肌肥厚为特征的遗传性心肌疾病，其发病机制复杂，涉及多基因和多通路调控。相较于传统单组学研究，本研究创新性地整合了转录组差异分析、通路活性评估与孟德尔随机化因果推断，系统识别HCM的关键致病基因及潜在药物靶点。首先，基于GEO数据库的GSE36961数据集筛选差异表达基因（DEGs）并进行基因集变异分析（GSVA）以揭示HCM的活跃通路；进而，利用芬兰数据库的HCM数...

坏死性凋亡和免疫浸润在腹主动脉瘤中的生物信息学分析

摘要：为探讨腹主动脉瘤（Abdominalaorticaneurysm，AAA）中坏死性凋亡相关基因的调控网络，识别早期诊断指标及治疗靶点，从基因表达综合数据库（GeneExpressionOmnibus，GEO）获取GSE98278和GSE47472数据集，筛选坏死性凋亡（Necroptosis）相关差异表达基因，进行GeneOntology（GO）功能注释和Kyoto Encyclopedia of...

国际计算生物学学会简介

摘要：国际计算生物学学会（International Society for Computational Biology, ISCB）是计算生物学和生物信息学领域最大的国际组织和学术团体（https://www.iscb.org），中国分会ISCB-China已于两年前成立（https://www.iscb-cn.org.cn）。本文介绍ISCB创建历史、基本架构、主要活动、所设奖项、华人会士和到访过中...

基于生物信息学分析干燥综合征患者唾液腺免疫微环境的改变

摘要：干燥综合征（Sj?gren's Syndrome， SS）是一种慢性自身免疫性疾病，特征为泪腺和唾液腺淋巴细胞浸润，引起眼干和口干。尽管其临床特征已较为明确，但对其免疫微环境的机制仍需深入探索。本研究通过对SS患者唾液腺组织的芯片数据和单细胞转录组测序数据进行分析。从GEO（Gene expression omnibus）数据库下载唾液腺组织数据集GSE127952、GSE40611、GSE231...

新咔唑生物碱Clausenanisine B抗糖尿病的网络药理学与分子动力学研究

摘要：新咔唑生物碱Clausenanisine B（CB）在前期的活性筛选中发现该化合物对α-葡萄糖苷酶具有良好的抑制活性，IC₅₀值为8.27 ± 0.42 μmol/L。然而，其在糖尿病当中的作用和机制尚未完全确定。本研究通过网络药理学、分子对接和分子动力学模拟研究了CB治疗糖尿病的潜在作用机制。结果显示PPI网络的拓扑分析揭示了12个糖尿病相关的核心靶点，这些靶点构成了一个典...

小单孢菌属次级代谢产物合成基因簇及抗性基因分析

摘要：为探究小单孢菌属次级代谢产物生物合成基因簇及抗生素抗性基因的耐药特征，选取96株小单孢菌的全基因组展开分析，运用antiSMASH和MIBiG等工具预测其次级代谢产物生物合成基因簇及编码的次级代谢产物，结果显示：62.5%的小单孢菌基因组中被预测到次级代谢产物生物合成基因簇，其中约80%土壤来源的小单孢菌具有具有编码羊毛硫肽化合物与非核糖体多肽合成酶等代谢物的潜力；不同来源小单孢菌次级代谢产物类型...

急性心肌梗死中铁代谢相关的关键基因筛选及治疗药物预测

摘要：为探究诊断急性心肌梗死的生物标志物与免疫细胞浸润的相关性，通过生物信息学和机器学习算法筛选急性心肌梗死中铁代谢相关的关键表达基因。使用生物信息学方法从基因表达谱(GEO)数据库中下载2个急性心肌梗死相关芯片数据集，其中GSE34198作为训练集，GSE66360作为验证集。对数据集GSE34198与铁代谢相关基因数据集取交集进行后，获得铁代谢相关差异表达基因(DEGs)，进行功能富集分析。通过La...

葡萄miRNA跨界调控人类靶基因预测及生物信息学分析

摘要：葡萄作为一种药食同源性植物，其果实和种子均具有较高的营养价值，葡萄中的多种成分均具有抗氧化性，本研究旨在从植物miRNA跨界调控角度挖掘葡萄miRNA靶向调控的人源基因，进一步揭示葡萄miRNA跨界调控人体的生物学意义。为开发药食同源植物资源、寻找安全有效的植物性药物提供新见解。首先使用PmiREN数据库对Vvi-miRNA的成熟序列进行查询，通过psRNATarget数据库对Vvi编码的10种m...

基于生物信息学解析NAT9在肝癌中的分子特征及预后价值

摘要：为探讨NAT9在肝癌组织中的表达及其对肝癌患者临床预后的影响。使用TCGA数据库检索肝癌相关数据，使用R软件分析肝癌中NAT9的表达差异及与临床病理特征之间的相关性，通过qRT-PCR检测肝癌临床样本中NAT9的表达，并分析其表达与关键临床表征的相关性。使用Kaplan-Meier plotter分析NAT9在肝癌中的预后价值。通过单因素及多因素Cox比例风险回归模型分析肝癌患者预后的影响因素。通...

基于CCFV方法对广西钦州HIV分子网络进行构建

摘要：分子网络构建是研究HIV传播的关键技术，但传统序列比对法计算基因距离耗时长，难以处理大规模数据。本文提出一种基于相关系数特征向量（CCFV）的非序列比对方法，用于高效构建广西钦州HIV分子网络。CCFV通过将序列切割为K个子序列，提取核苷酸频率、位置及L步延迟相关性特征，生成K×16×L维特征向量，并以欧氏距离计算序列间基因距离。基于中国疾控中心提供的2016～2020年2 794条HIV pol...

α-淀粉酶的性质特点及其生物信息学研究方法

摘要：α-淀粉酶是一种非常重要的生物大分子，在实际中的应用包括淀粉加工、生物燃料生产，以及在食品、造纸、纺织、环境污染物生物修复以及临床医疗等诸多领域都有广泛的应用。在生物学研究中也常常将其作为一种重要的靶标酶进行深入分析。近年来，国内外的不少生物科学研究都在实际生物学湿实验基础上同时采用生物信息学方法对α-淀粉酶进行深入和详细的分析和探索，特别是在其性质定量化、同源性和进化分析、底物作用、性能改进以及...

多尺度异构网络拓扑和多模态属性增强的药物相关副作用预测

摘要：药物的副作用是药物在临床试验中失败的主要原因之一，因此预测药物的副作用可以帮助降低药物开发成本。本文提出了一种基于图Transformer和循环门控卷积网络的药物和副作用关联预测方法（HMMDS）。该方法编码并整合了来自多尺度的邻居拓扑、多个异构网络的共有特征和节点对的多模态属性。在每个药物-副作用异构网络中，一个目标药物（副作用）节点具有多个尺度的邻居拓扑。一个新的多尺度邻居拓扑嵌入模块被建立起...

线粒体功能障碍与自噬在肺结核中的交互作用及潜在生物标志物探究

摘要：为探究线粒体功能障碍与自噬相关基因在肺结核中的作用及诊断价值，本研究采用生物信息学方法进行系统分析。首先，从GEO数据库获取肺结核转录组数据集GSE83456并进行差异分析，同时从MitoCarta 3.0数据库获取线粒体功能障碍相关基因（MRGs）。基于自噬相关基因，利用WGCNA鉴定肺结核中与自噬相关的模块基因（ARMGs）。随后，将DEGs、MRGs和ARMGs取交集获取候选基因，并对其进行...

系统性红斑狼疮和动脉粥样硬化共享分子机制的综合生物信息学分析

摘要：通过综合生物信息学分析探索系统性红斑狼疮(SLE)与动脉粥样硬化(AS)之间的共享分子机制。GEO数据库获取SLE和AS微阵列数据，选取两种疾病中共享差异表达基因(DEGs)并进行功能分析。Cytoscape软件构建共享DEGs的蛋白质-蛋白质相互作用网络(PPI)及鉴定枢纽基因。外部数据集验证枢纽基因的表达。HMDD数据库筛选出SLE和AS共有miRNA,MiRTarbase数据库预测miRNA...

基于人工神经网络模型的骨肉瘤线粒体基因特征提取与预测

摘要：为建立基于GEO数据库的骨肉瘤（Osteosarcoma， OS）线粒体相关基因的人工神经网络模型并评价其预测性能和生物学意义。收集来自GEO数据库的OS患者基因表达数据，以GSE33383作为OS的训练数据集，通过差异分析和加权基因共表达网络分析（Weighted gene co-expression network analysis， WGCNA）确定OS中线粒体相关候选基因；利用最小绝对收缩...

N-PIP：面向微拟球藻启动子识别的新型可解释深度学习框架

摘要：微拟球藻是一类重要的海洋微藻，以其菌株多样性和高产性而闻名。然而，利用野生型菌株iyaob和传统栽培方法实现最佳产量面临挑战。启动子在调节基因表达中起着至关重要的作用，但目前用于识别微拟球藻启动子的算法在准确性和可解释性方面存在局限性。为了解决这个问题，本研究提出了一种针对微拟球藻启动子识别的新型可解释性深度学习框架（Nannochloropsis promoter interpretable p...

生物信息学2025年度优秀审稿专家

摘要：<正>~

生物信息学2025年第23卷总目次

摘要：<正>~

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