第二军医大学出版社于1997年经国家新闻出版署批准成立，系由解放军总后勤部主管、第二军医大学主办的医学专业出版社。现有员工40余名，其中长期从事医学编辑的专家教授近20人。多年来出版社依托本校及附属医院高水平的科研成果和临床技术经验，已逐渐形成临床医学出版强项。出版图书700多种，近两年来年均出书100种，多部学术著作获中国人民解放军图书奖、全国高校出版社优秀畅销书奖、优秀教材学术专著奖等。
出版社以市场为导向，优化选题，突出重点和特色，在医学图书出版领域得到广大专业读者和医学师生的支持和认可，销量业绩持续增长，出版社全面进入快速发展阶段。
已出版图书500余种，有多部学术著作获奖，如《肝胆病理学》、《实用外科重症监护与治疗》、《神经肽基础与临床》分别获第二、三、四届“中国人民解放军图书奖”，多本图书获第四、五届华东地区大学出版社优秀教材学术专著一等奖和二等奖。《护理心理学》等获全国高校优秀畅销书奖。本社为医学编辑硕士研究生培养点，拥有一支思想解放、业务精湛的编辑、出版、发行队伍。另外，还编辑出版《第二军医大学学报》（中文版）、《军医大学学报》（英文版）等优秀学术性刊物，书刊互动，优化了出版资源。面对愈加激烈的竞争形势，本社将进一步面向市场，优化选题，突出重点和特色，树立品牌。同时，注重提高队伍的整体素质和各个部门的协作精神，加强管理，提高效率。全体员工齐心协力，打造积极、务实、高效的企业文化，为振兴医学教育和整个出版事业不懈努力。
1998年《肝胆病理学》获第二届中国人民解放军图书奖
2000年《护理心理学》获第四届全国高校出版社优秀畅销书奖
2000年《护士英语必读》获第四届全国高校出版社优秀畅销书提名奖
2000年《实用外科重症监护与治疗》获第三届中国人民解放军图书奖
2002年《脊柱侧凸三维矫形理论与技术》获第五届全国高校出版社优秀畅销书一等奖
2002年《走进小儿智能》获第五届全国高校出版社优秀畅销书二等奖
2002年《神经肽基础与临床》获第四届中国人民解放军图书奖
2003年《中国内科年鉴（2001）》获上海市第一届年鉴优秀成果三等奖
2003年《中国儿童素质早教工程》获冰心儿童图书奖二等奖
2004年《百名专家谈百病》获2004年度全国优秀畅销书奖（科技类）
2004年《心脏能量学—代谢与治疗》获上海图书奖二等奖
2005年《中国内科年鉴（2004）》获第三届中国年鉴综合评比奖二等奖
2006年《人体系统解剖学实物图谱》获第七届全国高校出版社优秀畅销书一等奖
2007年《残缺肢体的修复重建》获第六届“中国人民解放军图书奖”提名奖
2009年《气管和支气管外科学》获中国出版工作者协会引进版科技类优秀图书奖
2009年《新编皮肤软组织扩张术》获中国大学出版社图书奖首届优秀学术著作二等奖
2010年《气管和支气管外科学》获上海市出版工作者协会上海图书奖提名奖
2010年《危险穴位临床解剖学》获上海市出版工作者协会上海图书奖一等奖
2010年《肝移植》获中国出版工作者协会引进版科技类优秀图书奖
2010年《中国腔道泌尿外科手术视频图谱》获第六届华东书籍双年展整体设计二等奖
2010年《危险穴位临床解剖学》获第七届“中国人民解放军图书奖”提名奖
为振兴医学教育和出版事业不懈努力，为社会主义物质文明和精神文明建设服务。
出版发行本校设置的学科、专业课程所需教材及教学参考书、教学工具书；与本校主要专业方向一致的学术专著、译著；以及医学科普读物等相关实用性图书。
以本校门类齐全的学科、雄厚的师资力量、高水平的科研成果和地处上海的优势为依托，面向全军，服务全国，努力实施精品战略，多出优秀作品。
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