Web of Science核心合集的管理流程是独一无二的：编辑决策由内部专业编辑人员做出，这些人员与出版社或研究机构均无关联，因而杜绝了潜在的偏私或利益冲突。
每位编辑均专门负责特定的学科分类，以便深入细致地了解该领域的期刊。这种水平的审编并非单纯依赖算法途径所能企及，而将编辑决策权下放给研究共同体的做法也同样达不到如此水准。
遴选流程始终本着这样几大基本原则：“客观”、“择优”和“动态收录”。依据一套统一的标准进行期刊评估，其中包含的共计28条考察依据被一分为二：24项质量评估标准可供遴选人员在期刊层面根据编辑严谨度及最佳实践做出选择，4项影响力评估标准则旨在利用引证活动作为衡量影响力的主要指标，选出各领域内影响最为深广的期刊。
达到质量评估标准的期刊可进入Emerging Sources Citation Index (ESCI，新兴领域引文索引)。同时还满足影响力标准的期刊可进入Science Citation Index Expanded (SCIE,科学引文索引)、Social Sciences Citation Index (SSCI, 社会科学引文索引) 或 Arts & Humanities Citation Index(AHCI,艺术人文引文索引)，具体视其所属学科领域而定。
这些动态收录的合集要持续接受管理，确保期刊收录在适当的合集中。影响力上升的ESCI期刊会迁移到SCIE、SSCI或AHCI。而影响力下降的SCIE、SSCI和AHCI期刊也会迁移到ESCI中。质量下降的期刊则会从Web of Science核心合集中除名。
核心合集可搜索和查询一系列值得信赖的出版物，全面覆盖各学科、各地区以及各种发表形式。而其中SCIE、SSCI、AHCI包含最具影响力的期刊，可将搜索范围限制在最具影响力的出版物之中。
Web of Science核心合集是值得信赖的、高质量和权威性的期刊、图书及会议论文资源。
初步筛选
该筛选步骤的主要目的是确保清晰鉴别已提交评估申请的期刊，并了解评估团队有疑问或问题时可以询问的期刊联系人。如果期刊未通过初步筛选，问题解决后可随时重新提交。
期刊必须有可在ISSN数据库验证的注册ISSN，且所有期刊平台(电子版或印刷版)须清晰、一致地标示该ISSN。如果印刷版和电子版ISSN都具备，则两者均应提供。
期刊名称
期刊必须有独特的名称，期刊名称须与注册ISSN、期刊声明范围、发表内容和人员组成(编辑委员会和作者)一致。文章、每期(如有)、期刊和网站上均须标明期刊名称。
期刊出版社
必须清楚标明出版社名称，并提供可验证的出版社经营地址(非邮箱)。如果期刊出版社隶属于某个学会或是学会所拥有，应予以声明，必须提供可验证的联系方式。
期刊URL
如期刊具有在线版和印刷版，必须提供期刊URL和查阅当前内容全文的详细方式。
内容访问
Web of Science须获得出版内容的充分访问权，并具备查看内容的所有必要许可。如有需要，科睿唯安学术研究事业部可以提供IP段信息，以获得访问权限。
具备同行评议政策
对于所有出版内容，期刊必须提供随时可查阅、清晰的同行评议和/或编辑监督。主要的研究论文必须经过外部同行评议。
详细联系方式
对于所提交期刊的主要编辑和制作人员，必须提供详细的联系方式，以便科睿唯安学术研究事业部与期刊工作人员进行直接沟通。
编辑筛选
在这一步骤中，Web of Science 编辑人员对期刊进行评议，确定是否需要充分的编辑评估。如果期刊未通过编辑筛选，问题解决后可随时重新提交。
学术内容
期刊的主要学术内容必须为原创。所报告研究的学术水平应适宜研究生、博士后和/或专业研究人员阅读。如果发表文献的主要内容是会议录，最好进行会议论文引文索引(Conference Proceedings Citation Index)评 估 。
英文版文章标题和摘要
无论发表内容的正文使用哪种语言，期刊必须提供准确、完整的所有文章标题的英文译文。学术论文必须有摘要，摘要必须翻译成英文。
以罗马字母标示的参考书目信息
参考文献、作者姓名和机构信息必须采用罗马字母标示，以便快速、准确地标引，以便于全球用户理解。
语言表述清晰
对于所有英文的标题、摘要和其他发表文字，语言表述必须清晰，以便于全球读者理解。
及时性和/或出版量
期刊必须说明是否有确定的出版频率，或是否遵循不定期或连续发表日程。期刊出版周期必须与声明的日程一致。预计每年发表的学术论文数量与学科领域匹配。
网站功能性/期刊格式
网站信息必须准确，信息架构和导航体系须确保便于查阅出版内容和其他所有期刊特性(如编辑委员会、给作者的指南、同行评议、访问模式等)。期刊网站必须提供出版社网站的清晰链接，反之亦然。
具有道德声明
期刊必须清晰说明对作者和出版作品的道德要求。如果期刊支持并使用一项或一项以上第三方组织准则(WAME、COPE、赫尔辛基宣言等)，则应提供指导准则全文并注明出处，或提供指导准则全文的有效链接。
详细的编辑机构信息
需要提供编辑团队全体成员(如总编、编辑委员会成员、副主编、区域编辑等)的姓名和机构信息，包括所属国家。
详细的作者机构信息
需要提供所有投稿作者的姓名和机构信息，包括所属国家，并提供地址。
编辑评估(质量)
在这一步骤中，Web of Science 编辑人员检查期刊名称、声称的范围、编辑委员会和作者人员组成及出版内容的对应情况。此外，Web of Science 编辑人员还将寻找期刊编辑严谨性且符合学术共同体标准的依据。如果期刊在这一步未能通过，至少需要等待两年才能重新提交申请。
编辑委员会组成
编辑和编辑委员会成员的机构、地域多样性和发表记录必须与期刊声称的范围和发表内容一致。编辑委员会的规模和人员组成必须与发表内容的数量和广度一致。对于期刊是否雇佣全职专业编辑予以适当关注。
声明有效性
评议的目的并非确保所有道德和抄袭标准的适用性和执行。不过，会根据要求，对可疑内容或虚假陈述进行调查。
同行评议
除同行评议声明外，文章必须显示同行评议的证据。
内容相关性
发表内容必须与期刊标题和声称的范围一致。
详细的基金资助信息
在普遍提供资助基金或需要提供资助基金的研究领域，建议对资金来源进行适当的说明。
遵守学术共同体标准
期刊文章符合学科领域的最佳实践(例如有机体或化学物命名的公认标准)
作者分布
作者的机构、地域分布、发表记录必须能够证明作者属于期刊声称的范围的相关学术领域。投稿作者的人员组成应与编辑委员会的课题和地域分布特性一致。
适当的文献引用
文章须对课题的相关文献予以适当引述。
编辑评估(影响力)
本步骤中的标准旨在以引用活动作为影响力的主要指标，选择特定研究领域最具影响力的期刊。如果期刊没有通过这一步骤，至少需要等待两年才能重新提交申请。
比较性引文分析
三大旗舰索引(SCIE、SSCI和AHCI)包含其学科领域中最具影响力的期刊。在比较性引文分析中，对期刊的引用次数和出处均进行考虑。
作者引文分析
大多数作者必须具有在Web of Science的明确发表记录。作者的引文网络应与其学科和范围相似的期刊相符。
编委引文分析
大多数编委会成员应在Web of Science中拥有明确的发表记录。编委会成员的引用网络应与其学科和范围相似的期刊相符。
内容重要性
对于期刊的目标读者和Web of Science订阅用户而言，期刊中的内容应具有吸引力、重要性和价值。内容重要性的依据包括独特专业领域、新颖视角、地区焦点、特殊内容或增加Web of Science覆盖广度的内容。并非只有期刊级的引用活动才反映这些属性。
